ヘルスケア業界M&Aの実務｜医療法人の非営利規制とロールアップM&A・調剤薬局チェーンの評価

結論：ヘルスケアM&Aの実務は「非営利規制」と「許認可の帰属単位」で組み立てが決まる

ヘルスケア業界のM&Aアドバイザリー実務が他業種と大きく異なる理由は、対象が上場・非上場を問わない一般の株式会社ではなく、医療法という業法によって組織形態そのものが規律される医療法人であることが多い点にあります。医療法人は剰余金の配当が禁止された非営利法人であり、株式や持分を自由に譲渡して対価を受け取るという株式会社型のM&Aの発想がそのままでは成立しません。加えて、調剤薬局や介護事業所についても、事業所単位・法人単位で行政の許認可・指定を受けて初めて収益を上げられる仕組みになっているため、譲渡スキームの選択が許認可の承継可否に直結します。

本記事は、ヘルスケア業界のM&Aアドバイザリー実務のうち、業界の概観や評価倍率の考え方は扱わず、医療法人の非営利規制・出資持分あり／なしの区分・M&Aスキームの選び方、そしてロールアップM&Aの典型例である調剤薬局チェーンの評価とデューデリジェンス論点に絞って解説します。ヘルスケア業界そのものの構造（製薬・医療機器・サービスの3分類やパイプライン評価の考え方）はヘルスケア投資銀行とはを、PE投資家目線でのサブセクター別投資仮説はヘルスケアPE投資の見方を参照してください。本記事はこれらの記事では扱っていない、M&Aアドバイザリー実務としての医療法人の非営利規制とスキーム選択、調剤薬局チェーンの評価実務に焦点を当てます。

医療法人の非営利規制：何が禁止され、何ができるのか

医療法人という法人類型は、医療法第39条により「病院、医師若しくは歯科医師が常時勤務する診療所、介護老人保健施設又は介護医療院を開設しようとする社団又は財団」がこの法律の規定により法人になれる、と定義されています。ここで重要なのは、条文上に列挙された施設に薬局は含まれていない点です。つまり医療法人は原則として調剤薬局を直接開設する主体にはなれず、調剤薬局は通常、株式会社など別の営利法人が運営します。医療法人が関わるM&A（病院・診療所）と、調剤薬局チェーンのM&A（通常は株式会社）は、法人格としては別のトラックにある点を最初に押さえておく必要があります。

医療法人に固有の規律として最も影響が大きいのが、医療法第54条の「医療法人は、剰余金の配当をしてはならない。」という規定です。株式会社であれば株主に利益を配当できますが、医療法人ではこれが明文で禁止されており、実質的に配当とみなされる行為（社員・役員への実質的な利益供与など）も同様に許容されません。この規制があるために、医療法人のM&Aでは「誰が、どのような形で対価を受け取るか」という設計そのものが、株式会社の株式譲渡とは異なる制約を受けます。

もう一つの論点が、出資持分あり医療法人と持分なし医療法人の違いです。平成18年の医療法改正により非営利性の徹底を目的として、出資持分のある医療法人の新規設立は認められなくなりました。改正前から存在していた出資持分あり医療法人は、経過措置として存続が認められている（経過措置型医療法人と呼ばれる）に過ぎず、現在新たに設立される医療法人はすべて持分なし医療法人で、その多くは解散時に拠出額を上限として返還を受けられる基金拠出型医療法人という形態を取ります。持分あり医療法人から持分なし医療法人への移行には厚生労働大臣の認定を受ける移行計画の仕組みがあり、認定を受けると相続税・贈与税に関する税制上の支援措置が適用されます。この移行を検討する医療法人がある一方、経過措置型として存続する出資持分あり医療法人も一定数残っているため、対象法人がどちらの類型かを確認することが、M&Aスキーム検討の出発点になります。

医療法人M&Aの主要スキームと選び方

医療法人のM&Aで実務上検討される主なスキームは、出資持分譲渡、社員・理事の交代、事業譲渡、合併・分割の4つに整理できます。株式会社のM&Aスキーム全般（株式譲渡・事業譲渡・合併・会社分割の比較）はM&Aスキーム比較で解説していますが、医療法人の場合はここに非営利規制が重なるため、選択できるスキームと対価の受け皿がさらに限定されます。

出資持分譲渡は、経過措置型として存続する出資持分あり医療法人でのみ使える方法で、社員が保有する出資持分を譲渡することで実質的な経営権を移転します。法人格が継続するため許認可の再取得は原則不要ですが、簿外債務や偶発債務も含めて包括的に承継する点は株式譲渡と同様のリスクを伴います。持分なし医療法人ではそもそも譲渡できる持分が存在しないため、実務では社員総会での議決権を持つ社員と理事を交代させることで経営権を移転する「社員・理事の交代」が中心的な手法として使われます。この方法は対価を受け取れる法律上の受け皿が限定される点が、株式譲渡と最も異なるところです。

特定の事業・拠点のみを切り出したい場合は事業譲渡が選択されますが、医療法人・調剤薬局のいずれでも、事業譲渡では開設者が変わる扱いとなるため、許認可・指定を原則として新規に取り直す必要があります。法人全体を統合したい場合の合併・分割については、医療法第57条から第62条の3に規定があり、社団たる医療法人の吸収合併・新設合併は総社員の同意を、財団たる医療法人は寄附行為の定めと理事の3分の2以上の同意を要件とした上で、主たる事務所の所在地の都道府県知事の認可を受けなければ効力を生じません。都道府県知事は認可にあたり、あらかじめ都道府県医療審議会の意見を聴くことが求められており、株式会社の合併に比べて行政関与の度合いが強いプロセスになります。

ロールアップM&Aの経済合理性と実務上の特徴

ヘルスケア業界、とりわけ調剤薬局や介護事業では、単独では規模の小さい事業者を複数買収・統合して一つの経営体として運営する「ロールアップ」型のM&Aが継続的に行われてきました。ロールアップの基本的な考え方自体はロールアップ戦略で整理されている通り、複数の小規模事業者を束ねることで本部機能や仕入れ交渉力を集約し、単店舗では負担しきれない固定費（システム投資、人事・労務管理、コンプライアンス体制など）を分散させる効果を狙う手法です。

ヘルスケア領域でロールアップが成立しやすい背景には、後継者不在の中小規模の医療法人・薬局オーナーが一定数存在すること、公的保険制度に基づく診療報酬・調剤報酬という景気に連動しにくい収益構造を持つこと、そして地域医療・地域包括ケアという政策文脈の中で事業承継の受け皿としてのM&Aが行政・業界団体からも一定程度肯定的に見られてきたことが挙げられます。ただし医療法人については、前述の通り出資持分譲渡・社員理事交代のいずれも対価の受け皿が限定的であるため、調剤薬局や介護事業所のように株式譲渡で機動的に統合できる株式会社形態の周辺事業と比べると、M&Aによる統合スピードには構造的な差が生まれやすい点に注意が必要です。実務上は、医療法人本体（病院・診療所）は社員理事交代で経営権を移し、併設の調剤薬局や介護事業所は別法人として株式譲渡でまとめて取得する、という組み合わせが用いられることもあります。

調剤薬局チェーンの評価実務：店舗別EBITDAの正常化

調剤薬局チェーンの評価では、EV/EBITDA倍率を用いる考え方自体は他業種のM&Aと共通しますが、マルチプルの選び方の一般論はマルチプルの選び方完全ガイドに委ね、本記事では調剤薬局チェーンに固有の「どのEBITDAを基準にするか」という正常化（ノーマライゼーション）の論点に絞ります。調剤薬局の店舗収益は、処方箋の集中度（大型門前薬局か、複数医療機関からの処方箋を受ける面分業型薬局か）や、後発医薬品の使用促進に関する調剤報酬上の加算（後発医薬品調剤体制加算等）の取得状況によって店舗ごとの収益性に大きなばらつきが生じます。財務DDでの一時的損益の洗い出し方の基本的な考え方は財務DD（QoE）入門で解説している通りで、調剤薬局チェーンでも同様に、オーナー経営者への役員報酬が市場水準からかけ離れている場合の調整や、新規出店・システム移行など一時的な費用の除外といった正常化作業が必要になります。

以下は説明用の仮設例です。5店舗を運営する調剤薬局チェーンを想定し、店舗別の年間売上高・報告EBITDAと、一時的な要因を除いた正常化後EBITDAを整理します。

式
企業価値（EV）＝正常化後EBITDA × EV/EBITDA倍率
正常化後EBITDAは、報告EBITDAに一時的な費用・収益や役員報酬の市場水準からの乖離分を加減算した値。

報告EBITDAの合計は161百万円（68＋18＋14＋55＋6）、売上高合計1,530百万円（540＋210＋190＋470＋120）に対するEBITDAマージンは10.5%です。正常化調整（2号店＋4、3号店＋3、5号店＋5の合計12）を反映すると、正常化後EBITDAの合計は173百万円（161＋12）になります。ここで、説明のためにEV/EBITDA倍率を6.0倍から7.5倍のレンジと仮定すると（このレンジ自体は実勢の相場を示すものではなく、あくまで計算方法を示すための仮設値です）、企業価値は1,038百万円（173×6.0）から1,297.5百万円（173×7.5）のレンジで試算できます。実際の倍率は店舗の立地・処方箋集中率・スイッチングコストの高さ・後発医薬品比率などによって個別に決まるため、この記事の数値をそのまま実務の相場観として扱うことはできません。

許認可の承継とデューデリジェンスの論点

ヘルスケア業界のM&Aで固有のデューデリジェンス項目になりやすいのが、業法上の許認可・指定の帰属です。調剤薬局は、医薬品医療機器等法第4条第1項・第5条に基づき、薬局ごとに都道府県知事（または保健所設置市・特別区の長）から開設許可を受ける必要があります。許可は店舗単位で交付されるため、事業譲渡によって開設者（経営主体）が変わる場合、旧開設者の許可は失効し、新しい開設者が改めて開設許可の申請を行う必要があるのが原則です。加えて、保険調剤を行うためには地方厚生局から保険薬局として別途指定を受ける必要があり、こちらも開設者の変更に伴って新規の指定申請が必要になります。一方で、法人格が変わらない株式譲渡であれば、開設許可・保険薬局指定は法人に紐づいたまま存続するため、この再取得の手間は生じません。この違いは、調剤薬局チェーンのM&Aで事業譲渡ではなく株式譲渡が選好されやすい理由の一つになっています。薬局の管理を行う管理薬剤師についても、常勤・専任が求められ、派遣従業員を管理薬剤師とすることや、他店舗との兼務は原則として認められていない点は、M&A後の人員体制を検討する上で確認しておくべき事項です。

介護事業所についても、介護保険法に基づく指定は「事業所ごと・提供する介護サービスの種類ごと」に受ける仕組みになっており、譲渡・統合の形態によって指定の承継可否が変わり得ます。なお、健康保険法上の保険医療機関・保険薬局として指定・許可を受けた病院・診療所・薬局は、介護保険法上の医療系サービス事業者として指定を受けたものとみなす「みなし指定」の仕組みもあり、事業所の性質によって扱いが分かれるため、対象事業所がどの制度上の位置づけにあるかを個別に確認する必要があります。

これらの許認可論点に加えて、一般的なデューデリジェンス項目（財務・法務・労務・システム）も当然に必要です。医療法人・調剤薬局・介護事業所に共通するヘルスケア業界の規制DDの視点、事業譲渡を選ぶ場合の税務・会計上の考え方は事業譲渡、対象法人が抱えるリスクをどこまで表明保証で手当てするかは表明保証の考え方が土台になります。一般的なデューデリジェンスのフレームワークに、業法上の許認可という業界固有のレイヤーを重ねて確認する、という位置づけで理解しておくと実務の全体像を把握しやすくなります。

病院・診療所M&Aとの住み分け

本記事では医療法人の非営利規制とスキーム選択、調剤薬局チェーンの評価実務に焦点を当てましたが、セルサイドの案件プロセス自体（CIM作成・LOI・最終契約の交渉論点など）は業種を問わず共通する部分が多く、セルサイドM&Aプロセスと契約実務で扱っています。病院・診療所の診療報酬制度や薬価制度を踏まえたPE投資家目線でのサブセクター評価はヘルスケアPE投資の見方で、実際にヘルスケア領域への投資実績があるPEファンドの一覧はヘルスケアへの投資が多いPEファンドランキングで確認できます。

よくある質問（FAQ）

Q. 医療法人はなぜ株式会社のように株式を発行して資金調達できないのですか。
A. 医療法人は医療法上、非営利性の徹底を前提に制度設計されており、株式会社のような出資者への利益配当（剰余金の配当）が医療法第54条で明文で禁止されています。株式に相当する持分自体も、平成18年の医療法改正以降に設立された医療法人（持分なし医療法人）には存在しません。このため資金調達の手段も、金融機関からの借入や基金拠出型医療法人における基金の拠出など、株式発行とは異なる方法が中心になります。

Q. 出資持分あり医療法人と持分なし医療法人は見分けられますか。
A. 定款を確認すれば、出資持分に関する規定の有無で判別できます。平成19年の医療法改正施行以降に新規設立された医療法人はすべて持分なし医療法人であるため、設立時期も一つの目安になりますが、改正前から存続する医療法人が持分なしへ移行している場合もあるため、最終的には定款の記載内容と、移行認定を受けているかどうかを個別に確認する必要があります。

Q. 調剤薬局チェーンのM&Aで株式譲渡と事業譲渡のどちらが多いですか。
A. 一律に「どちらが多い」と断定できる公的な統計は確認できていませんが、保険薬局指定の再取得を避けられる点から、法人全体を承継できる案件では株式譲渡が選好されやすいという実務上の傾向が、M&A仲介会社等の解説で紹介されています。特定の店舗のみを切り出して譲り受けたい場合や、譲渡側に承継したくない負債・契約がある場合には、資産・負債を選別できる事業譲渡が選択されることもあります。

Q. 医療法人のM&Aで社員・理事の交代という方法を使う場合、対価はどう受け取ればよいですか。
A. 剰余金配当禁止の規制がある以上、対価の設計は個別の事案ごとに専門家（弁護士・税理士）による適法性の検討が不可欠であり、本記事で特定のスキームを推奨するものではありません。実務上は、退任する社員・理事への退職慰労金の支払いという形が用いられることが紹介されていますが、金額の水準や支払い方法によっては配当類似行為とみなされるリスクがあるため、個別に慎重な検討が必要です。

Q. 介護事業所のM&Aでも許認可の承継は同じように論点になりますか。
A. 介護保険法上の指定居宅サービス事業者等の指定も、事業所ごと・サービスの種類ごとに行われる仕組みであるため、譲渡の形態によって指定の承継可否を個別に確認する必要がある点は調剤薬局と共通します。一方で、保険医療機関・保険薬局としての指定を持つ事業所は介護保険法上の指定があったものとみなされる「みなし指定」の仕組みもあり、事業所の性質によって扱いが異なるため、対象事業所ごとの確認が必要です。

まとめ

ヘルスケア業界のM&Aアドバイザリー実務は、対象が医療法人であれば医療法上の非営利規制（剰余金配当禁止、出資持分あり／なしの区分）がスキーム選択そのものを制約し、調剤薬局や介護事業所であれば業法上の許認可・指定の帰属単位が譲渡形態の選択に直結するという、業界固有の構造を理解しないと成立しません。ロールアップM&Aの経済合理性自体は他業種と共通する部分が多い一方、対価の受け皿や許認可の承継可否という実務上の制約が、案件のスケジュールやストラクチャーに大きく影響します。

評価実務の側では、調剤薬局チェーンのように店舗ごとの収益性のばらつきが大きい対象では、報告EBITDAをそのまま評価に用いるのではなく、一時的な要因や役員報酬の水準を調整した正常化後EBITDAを基準にする発想が欠かせません。本記事で扱った非営利規制・スキーム選択・評価の正常化・許認可DDの4つの論点は、ヘルスケア業界のM&Aに関わる際の最低限のチェックポイントとして押さえておくと、業界特有の落とし穴を避けやすくなります。

出典・参考（2026年8月確認）

• 厚生労働省「医療法」条文（第39条：医療法人の設立目的施設、第54条：剰余金配当の禁止、第57条〜第62条の3：合併及び分割）https://www.mhlw.go.jp/web/t_doc?dataId=80090000&dataType=0&pageNo=2 および pageNo=3（WebFetchで各条文本文の到達・内容確認済み）
• 厚生労働省医政局医療経営支援課「『持分なし医療法人』への移行に関する手引書」令和8年3月改訂 https://www.mhlw.go.jp/content/10800000/000940229.pdf （出資持分あり医療法人の新規設立が認められなくなった経緯、基金拠出型医療法人、移行促進税制について、WebFetchでのファイル到達とWebSearchによる内容確認は取れたが、PDF内のフォント埋め込み形式の制約によりWebFetchでの全文テキスト抽出はできていない。内容は複数の独立した検索結果で相互に確認済み）
• 千葉県「薬局開設許可申請」（医薬品医療機器等法第4条第1項・第5条に基づく手続、標準処理期間・手数料）https://www.pref.chiba.lg.jp/yakumu/tetsuzuki/330/13100-new6.html （WebFetchで到達・内容確認済み）
• 関東信越厚生局「保険医療機関・保険薬局の指定申請」https://kouseikyoku.mhlw.go.jp/kantoshinetsu/shinsei/shido_kansa/hoken_shitei/ichiran_shitei_shinsei.html （WebFetchで到達確認済み。開設者変更時の新規指定申請の要否については、本ページ自体には明記がなく、M&A仲介会社等の実務解説を参考情報として補った）
• 大阪市「介護保険居宅サービス事業者に係る指定の特例（みなし指定）について」https://www.city.osaka.lg.jp/fukushi/page/0000344482.html （WebSearchで内容確認。指定が事業所ごと・サービス種類ごとであること、みなし指定の仕組みについて参照）
• 調剤薬局・医療法人のM&Aスキーム（出資持分譲渡・社員理事交代・事業譲渡・合併の使い分け、保険薬局指定の承継実務）に関するM&A仲介会社・法律事務所の実務解説複数件（個別事業者名は本文中に記載せず、実務上の一般的な傾向の裏付けとして参照。到達確認済み）

※本記事は教育目的の一般的な解説であり、法務・税務・投資助言ではありません。設例は理解のための仮設例です。