エンジェル税制の実務｜優遇措置A・B・非課税特例の使い分けと確定申告の流れ

結論：エンジェル税制は「投資時点」と「売却時点」の二段構えで、5つの措置から自分の投資に合うものを選ぶ制度

エンジェル税制とは、スタートアップへ投資を行った個人投資家に対して税制上の優遇措置を行う制度です。経済産業省は制度の骨格を、投資時点の優遇として起業特例・優遇措置A・優遇措置A-2・優遇措置B・プレシード/シード特例という5つの枠組みに整理しており、これに加えて株式を売却した時点で使える譲渡損失の繰越控除があります。実務でまず押さえるべきは、この5つの措置がそれぞれ「何から控除するか（総所得金額か、株式譲渡益か）」「非課税か課税繰延か」「対象企業の設立年数・外部資本比率の要件」で異なる点です。同じ投資額でも、投資家がその年に株式譲渡益を持っているかどうか、投資先企業の設立からの年数がどれくらいかによって、使える措置と手取りの節税効果は変わります。

以下ではまず、この5つの措置の全体像を一覧表で整理したうえで、それぞれの控除計算を仮設例で検算し、株式売却時点の譲渡損失繰越控除、確認申請から確定申告までの手続き、2024年度（令和6年度）以降の制度改正点、実務上の注意点まで順に解説します。制度の要件・数値は経済産業省および国税庁の公表情報のうち到達確認できたものに限定して記載しています。なお本記事は個人投資家が直接スタートアップへ出資する場合の税務上の取り扱いを扱うもので、投資契約の条件そのもの（優先株・清算優先権など）はVCタームシート完全ガイドで、投資家がVCファンドを組成して機関投資家的に投資する場合の実務はVCファンドの作り方で別途扱っています。

エンジェル税制の全体像：5つの措置と対象企業の区分

経済産業省のエンジェル税制ページでは、投資時点の優遇措置を次の表のとおり整理しています。控除の対象・控除先・措置の内容（非課税か課税繰延か）・控除上限額・対象企業の設立年数と外部資本比率（発行済株式総数に占める、投資家グループ以外の外部株主が保有する株式の比率）が、措置ごとに定められています。

国税庁のタックスアンサーでは、この仕組みを課税上の根拠に沿って3つの特例に整理しています。特定投資株式の取得に要した金額の控除等の特例（対象は設立10年未満などの要件を満たす「特定中小会社」で、優遇措置Bに相当）、設立特定株式の取得に要した金額の控除等の特例（対象は設立1年未満の「特定株式会社」で、起業特例に相当）、特定新規中小会社が発行した株式を取得した場合の課税の特例（寄附金控除）（対象は設立5年未満などの要件を満たす「特定新規中小会社」で、優遇措置A/A-2に相当）の3本柱です。プレシード・シード特例は、令和5年度税制改正により、設立間もないスタートアップへの投資や自己資金による起業を非課税措置の対象とする形で新設された枠組みで、特定新規中小会社への投資のうち外部資本比率1/20以上の要件を満たすものが対象になります。国税庁も経済産業省も、これら3つの特例措置は同一の年分において同一銘柄の株式について重複して適用することはできないとしています。

投資時点の優遇①：優遇措置A・A-2（総所得金額からの控除）

優遇措置A・A-2は、投資額（-2,000円）を、その年の総所得金額から控除できる措置です。所得税法上は寄附金控除の枠組みが使われており、控除できる金額には「総所得金額×40%」と「800万円」のいずれか低い方という上限があります。措置の性格は非課税ではなく課税繰延で、株式を将来売却する際に取得価額を調整する必要があります（調整の内容は後述します）。

式（優遇措置A・A-2の控除額）
控除対象額 ＝ 投資額 － 2,000円
控除上限額 ＝ min（総所得金額 × 40%、800万円）
控除額 ＝ min（控除対象額、控除上限額）

以下は説明用の仮設例です。個人投資家が、設立5年未満・外部資本比率1/6以上の要件を満たすスタートアップの新株を払込みで取得し、優遇措置Aの確認書要件を満たしたケースを2パターンで検算します。

パターン1は、控除対象額199.8万円が控除上限額360万円を下回るため、投資額をほぼ全額（199.8万円）その年の総所得金額から控除できます。パターン2は、控除対象額999.8万円が控除上限額200万円を大きく上回るため、その年に控除できるのは200万円までで、残り799.8万円分は当年の総所得金額からは控除できません。総所得金額が小さい年に大きな金額を投資すると、上限に届かず控除しきれない部分が生じやすいという点は、投資のタイミングを考えるうえで押さえておく必要があります。控除額200万円を仮に所得税・住民税の実効税率33%で評価すると、課税が繰り延べられる効果はおよそ66.0万円（200万円×33%）に相当します。実際の実効税率は所得水準や控除の状況によって変わるため、この数値はあくまで説明用の仮定です。

投資時点の優遇②：優遇措置B（株式譲渡益からの控除）

優遇措置Bは、投資額全額を、その年に発生した株式等の譲渡益から控除できる措置です。優遇措置Aと異なり控除上限額の定めがなく、対象企業は設立10年未満・外部資本比率1/6以上という、優遇措置Aよりやや対象が広い要件になっています。控除できるのはその年の株式譲渡益の範囲内が基本ですが、控除しきれない金額（特定株式控除未済額）が生じた場合は、後述する2025年度（令和7年度）税制改正により、一定の要件のもとで前年分の所得税の還付を請求できる仕組みが設けられています。

式（優遇措置Bの控除効果）
控除後の課税対象譲渡所得 ＝ その年の株式等譲渡益 － 投資額（上限なし）
課税繰延効果 ＝ 控除額 × 上場株式等の譲渡益に対する税率（所得税15%+復興特別所得税0.315%+住民税5%＝合計20.315%）

以下は説明用の仮設例です。個人投資家が、別の株式の売却で800万円の譲渡益を得た年に、設立10年未満・外部資本比率1/6以上の要件を満たすスタートアップへ300万円を出資し、優遇措置Bの確認書要件を満たしたとします。控除額は投資額全額の300万円で、控除後の課税対象譲渡所得は800万円－300万円＝500万円になります。上場株式等の譲渡益に対する税率20.315%で評価すると、300万円×20.315%＝60.9万円の課税がその年は繰り延べられる計算です。あくまで説明のための仮定であり、実際の税額は他の所得・控除の状況によって変わります。

投資時点の優遇③：起業特例・プレシード/シード特例（非課税措置）

起業特例とプレシード・シード特例は、いずれも投資額全額をその年の株式譲渡益から控除できる点は優遇措置Bと同じですが、措置の内容が課税繰延ではなく非課税である点が異なります。非課税として扱われるのは出資額20億円までで、それを超える部分は課税繰延の扱いになります。起業特例は会社設立時の自己資金による出資（設立1年未満・外部資本比率1/100以上）が対象、プレシード・シード特例は設立間もないスタートアップへの投資（設立5年未満・外部資本比率1/20以上）が対象で、令和5年度税制改正により新設されました。

以下は説明用の仮設例です。プレシード・シード特例の要件を満たすスタートアップへ、個人投資家が300万円を出資し、同じ年に別の株式売却で400万円の譲渡益があったとします。控除額は投資額全額の300万円で、控除後の課税対象譲渡所得は400万円－300万円＝100万円になります。出資額300万円は20億円を大きく下回るため全額が非課税扱いとなり、後述する取得価額の調整（課税繰延分の控除）も発生しません。これに対し優遇措置Bのケースでは、控除を受けた金額のうち課税繰延分は将来の売却時に取得価額から差し引く必要があり、この点が非課税措置との実務上の大きな違いになります。

株式売却時点：譲渡損失の繰越控除と取得価額の調整

エンジェル税制のもう一つの柱が、未上場スタートアップ株式を売却して損失が生じた場合の措置です。国税庁・経済産業省の公表情報によれば、この損失は、まずその年の他の株式譲渡益と通算（相殺）でき、通算しきれなかった損失については、翌年以後3年間にわたって順次株式譲渡益と通算できます。スタートアップが上場しないまま破産・解散等をして株式の価値がなくなった場合も、株式を譲渡したものとみなして同様の繰越控除を受けられます。

式（譲渡損失の繰越控除）
その年に通算できる損失 ＝ min（発生した譲渡損失、その年の他の株式譲渡益）
翌年以降への繰越額 ＝ 発生した譲渡損失 － その年に通算できた金額（翌年以後3年間で順次通算）

以下は説明用の仮設例です。投資先スタートアップが清算結了し、取得価額（後述の調整後）200万円分の株式が価値を失ったとします。その年に他の株式譲渡益が50万円あった場合、まずこの50万円と損失を通算し、残る150万円は翌年以降3年間にわたって、順次発生する株式譲渡益と通算していくことになります。

優遇措置A・優遇措置B・プレシード/シード特例（20億円超過部分）のように、投資時点の優遇が課税繰延である場合は、株式を売却する際の取得価額から、控除を受けた金額のうち課税繰延に相当する部分を差し引いて売却損益を計算する必要があります。国税庁の公表情報でも、これらの特例の適用を受けた特定株式については「適用年の翌年以後の各年分における同一銘柄株式1株当たりの取得価額について、取得価額からこの特例の適用を受けた金額を控除する調整計算が必要」とされています。この調整を行わずに取得価額をそのまま使ってしまうと、売却損益や譲渡損失の金額を過大に（あるいは過小に）計算してしまうため、投資時点でどの措置をどの金額分適用したかを、売却時まで記録として残しておくことが実務上重要になります。

手続きの流れ：確認申請から確定申告まで

エンジェル税制を利用するための基本的な流れは、経済産業省の公表情報によれば次のとおりです。まずスタートアップが都道府県等へエンジェル税制適用対象企業であることや投資が行われたことについて確認申請を行い、申請を受けた都道府県等は確認のうえスタートアップへ『確認書』を交付します。スタートアップはこの確認書を投資家へ提出し、投資家がその確認書を確定申告の際に税務署へ提出することで手続きが完了します。認定投資事業有限責任組合（LPS）経由の投資や、経済産業大臣の認定を受けた株式投資型クラウドファンディング（認定少額電子募集取扱業者・ECF）経由の投資についても、それぞれの経路に応じた確認手続きが用意されています。

確定申告の際に投資家が税務署へ提出する書類は、都道府県知事等の確認書のほか、適用を受ける措置の種類（投資時点の所得控除・課税繰延なのか、売却時点の譲渡損失なのか）によって組み合わせが異なります。株式の異動状況を示す明細書や、譲渡所得等の金額計算に関する明細書など複数の様式を発行会社や都道府県から入手・作成する必要があるため、具体的にどの様式が必要かは、投資を行う年度時点の中小企業庁・都道府県の最新の「確認申請の手引き」「様式集」で確認することが実務上重要です。

2024年度以降の制度改正点

エンジェル税制は近年、複数回にわたって改正されています。経済産業省の公表情報（2026年5月1日最終更新）によれば、確認できている主な改正点は次のとおりです。

令和6年度税制改正（有償新株予約権の取扱い）：2024年4月1日以降に取得した新株予約権について、個人投資家が発行会社の株式を取得した時点（新株予約権の行使日）でエンジェル税制の要件をすべて満たす場合、払込みを行う有償新株予約権（J-KISS等）の取得に要した金額も、税制の対象である株式の取得に要した金額に含められるようになりました。2024年3月31日以前に権利を取得した新株予約権は対象外です。J-KISSの仕組みやSAFEとの違いそのものは別記事で解説しています。なお、経済産業大臣の認定を受けた認定少額電子募集取扱業者（ECF）経由の投資で、当該事業者が確認書を発行する場合は、この措置の適用を受けられない点に注意が必要です。

令和5年度税制改正（プレシード・シード特例と起業特例の新設）：従来の要件に加え、一定の要件を満たす設立間もないスタートアップへの投資や、自己資金による起業について、非課税措置の対象とする枠組みが設けられました。前述のプレシード・シード特例・起業特例は、この改正で整備された措置です。

令和7年度税制改正（再投資期間の延長・保有期間の設定、2026年1月1日以後取得分に適用）：株式譲渡益が発生した年分の確定申告時の手続き等を前提に、株式譲渡益が発生した翌年末（最大2年間）までに投資をした場合にもエンジェル税制の適用を受けられるようになりました（再投資期間の延長）。あわせて、非課税措置については、健全な利用促進とスタートアップへのリスクマネー供給の両立を図る観点から、株式を取得した翌年末までの保有期間を設ける改正が行われました。ただし、IPOやM&A等一定の場合の譲渡はこの保有期間の対象から除かれます。この改正は、2026年1月1日以降に取得した株式が対象です。

注意点：措置の選択・出口課税との関係

実務上の注意点として、まず前述のとおり、投資時点の3つの特例（優遇措置A/A-2に相当する寄附金控除の特例、優遇措置Bに相当する特定投資株式の特例、起業特例に相当する設立特定株式の特例）は、同一の年分において同一銘柄の株式について重複して適用することはできません。投資額・総所得金額・その年の株式譲渡益の有無によって、どの措置を選ぶかで課税繰延効果や控除できる金額が変わるため、投資を実行する前に自分の所得状況と照らして試算しておく価値があります。

次に、課税繰延を受けた株式を将来売却する場面では、取得価額の調整を忘れずに行う必要があります。株式を売却する年に、投資時点で受けた控除額のうち課税繰延分を取得価額から差し引かずに譲渡損益を計算してしまうと、申告内容に誤りが生じます。投資時点でどの企業のバリュエーションを前提にいくら出資したかを把握しておくことは、この取得価額調整の土台にもなります（バリュエーションの考え方はスタートアップのバリュエーションを参照してください）。特にエンジェル税制を複数年・複数銘柄で利用している投資家は、どの投資でどの措置をいくら適用したかを継続的に記録しておくことが実務上重要です。

最後に、本記事で扱った控除上限額（800万円、総所得金額×40%など）や設立年数・外部資本比率の要件、非課税となる20億円という上限は、いずれも本記事執筆時点で経済産業省・国税庁の公表情報から確認できた内容です。税制は改正が重なりやすい分野であり、実際に投資を行う際は、投資を実行する年度時点の経済産業省・国税庁・都道府県の最新の公式情報を確認したうえで、必要に応じて税理士等の専門家に相談することを推奨します。

よくある質問（FAQ）

Q. 優遇措置Aと優遇措置Bは、どちらを選べばよいですか。
A. 一概にはいえません。優遇措置Aはその年の総所得金額から控除でき、株式譲渡益がなくても使える一方、控除上限額（総所得金額×40%と800万円のいずれか低い方）があります。優遇措置Bは上限なく投資額全額を控除できますが、その年に株式譲渡益がなければ控除の効果を十分に使えません。その年の所得構成と投資額、投資先企業が両措置の設立年数・外部資本比率の要件をともに満たすかどうかで判断が変わります。

Q. 起業特例・プレシード/シード特例の「非課税」と、優遇措置A・Bの「課税繰延」はどう違いますか。
A. 非課税措置は、20億円までの出資について投資時点の税負担が生じない扱いで、将来売却する際の取得価額調整も発生しません。課税繰延は、投資時点の税負担は軽減されるものの、将来株式を売却する際に取得価額から控除額を差し引いて譲渡損益を計算し直す必要がある点が異なります。

Q. 投資額が控除上限を超えた場合、超過分はどうなりますか。
A. 優遇措置A・A-2は、その年の控除上限額（総所得金額×40%と800万円のいずれか低い方）を超える部分は、本記事で確認できた公表情報の範囲では、その年の控除には使えません。投資額が大きくなる場合は、上限に届くかどうかを事前に試算しておく必要があります。

Q. 投資先が破産・解散した場合も税制上の救済はありますか。
A. あります。スタートアップが上場しないまま破産・解散等をして株式の価値がなくなった場合、株式を譲渡したものとみなして譲渡損失を計算でき、その年の他の株式譲渡益と通算したうえで、通算しきれない部分は翌年以後3年間繰り越して通算できます。

Q. 有償新株予約権（J-KISS等）で投資した場合もエンジェル税制の対象になりますか。
A. 2024年4月1日以降に取得した新株予約権については、株式取得時点（新株予約権の行使日）でエンジェル税制の要件をすべて満たす場合、その新株予約権の取得に要した金額も株式の取得価額に含めて税制の対象にできます。2024年3月31日以前に取得した新株予約権は対象外です。

まとめ

エンジェル税制は、投資時点の5つの優遇措置（起業特例・優遇措置A/A-2・優遇措置B・プレシード/シード特例）と、売却時点の譲渡損失繰越控除という二段構えで設計されています。投資時点の措置は、控除先が総所得金額か株式譲渡益か、非課税か課税繰延か、対象企業の設立年数・外部資本比率がそれぞれ異なるため、自分の投資条件に合う措置を選ぶ判断が必要です。課税繰延を受けた場合は、将来の売却時に取得価額を調整する計算を忘れないことが実務上のポイントになります。手続きは都道府県への確認申請から始まり、確定申告時に確認書等を提出して完了しますが、必要書類は投資年度や措置の種類によって変わるため、実行時点の最新情報を確認する姿勢が欠かせません。2024年度以降も有償新株予約権の取扱いや保有期間の設定など改正が続いているため、制度を利用する際は最新の公式情報を確認してください。

出典・参考（2026年9月確認）

• 経済産業省「エンジェル税制」（最終更新日：2026年5月1日） https://www.meti.go.jp/policy/newbusiness/angeltax/index.html
• 国税庁タックスアンサー No.1544「エンジェル税制の概要等」（令和8年4月1日現在法令等） https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1544.htm
• 中小企業庁「エンジェル税制申請から確定申告までの流れ」（令和2年4月1日から令和5年3月31日までの出資に関するページ。手続きの基本的な流れの参考として記載。最新の申請様式・必要書類は投資年度時点の最新ページで確認が必要） https://www.chusho.meti.go.jp/keiei/chiiki/angel/application/return.html

※本記事は教育目的の一般的な解説であり、法務・税務・投資助言ではありません。設例は理解のための仮設例です。本記事の記述は2026年9月時点で確認できた公開情報に基づきます。